我们团队主要基于Illumina和nanopore测序技术，开发和利用先进的组学手段，解析早期胚胎发育过程中细胞命运决定的分子机制，具体为：

1. 鉴别决定人体内200多种细胞命运的转录因子、及其分子机制

2. 探索细胞命运决定中表观修饰图谱的变化规律、及其内在联系

3. 挖掘转录因子变异、表观修饰异常在各类疾病发生中作用机理

技术手段：nanoHiMe-seq、SELEX、CUT&Tag、WGBS等组学技术 + 基因编辑技术 + 生物信息学分析

2019年 - ， 同济大学 教授

2018 - 2019年，剑桥大学 研究助理

2013 - 2018年，卡罗琳斯卡医学院 博士后

2007 - 2012年，中国科学技术大学 博士

2003 - 2007年，河南大学 学士

1. Xie, Z.#, Sokolov, I.#, Osmala, M., Yue, X., Bower, G., Pett, J. P., Chen, Y., Wang, K., Cavga, A. D.,Popov, A., Teichmann, S. A., Morgunova, E., Kvon, E. Z., Yin, Y.✉️, & Taipale, J.✉️DNA-guided transcription factor interactions extend human gene regulatory code. Nature (2025). https://doi.org/10.1038/s41586-025-08844-z

该研究突破了单转录因子调控基因的传统研究模式，表明不同转录因子常常通过协同作用，识别新型调控密码，参与胚胎发育等生命活动，而新型密码的突变，与发育异常或癌症等疾病发生密切相关。

媒体报道：

人民日报：https://www.peopleapp.com/column/30048752381-500006191985

科学网：https://news.sciencenet.cn/htmlnews/2025/4/541952.shtm

中国科技网：https://www.stdaily.com/web/gdxw/2025-04/10/content_322392.html

中国新闻网：https://m.chinanews.com/wap/detail/chs/zw/10397218.shtml

上观新闻：https://www.shobserver.com/staticsg/res/html/web/newsDetail.html?id=890593

新民晚报：https://paper.xinmin.cn/html/xmwb/2025-04-10/7/209160.html

光明日报：https://app2.gmdaily.cn/as/opened/n/6533fc7b01034fa8b45f051f0419c9ab

同济大学：https://news.tongji.edu.cn/info/1003/90475.htm

2. Xue, W.#, Han, Y.#, Tian, Y.#, Wang, J.# , Xie, Z., Zheng, X., Yue, X., Dong, S., Li, H., Luo, Z., Zhang, S., Yang, Y., Zou, Z., Li, W., Ma, N., Zhu, F., Chen, C. ✉️, Yin, Y. ✉️, Zhang, Y. ✉️, Xu, K.✉️ Structural basis of nucleosome binding and destabilization by the extended DNA binding domain of RFX5. Nucleic Acids Research (2025). https://doi.org/10.1093/nar/gkaf734

该研究中，基于冷冻电镜手段，我们解析了先锋转录因子RFX5结合核小体、并导致核小体不稳定的分子机制。

3. Yue X.#, Xie Z.#, Li M., Wang K., Li X., Zhang X., Yan J., Yin. Y. Simultaneous profiling of histone modifications and DNA methylation via nanopore sequencing. Nat Commun 13, 7939 (2022). https://www.nature.com/articles/s41467-022-35650-2

该研究中，基于第三代nanopore测序技术，我们开发了一种在单分子水平同时检测DNA甲基化和组蛋白修饰的nanoHiMe-seq方法，用于系统性探索DNA甲基化和各类组蛋白修饰之间的内在联系。

4. Yin, Y., Morgunova, E., Jolma, A., Kaasinen, E., Sahu, B., Khund-Sayeed, S., Das, P.K., Kivioja, T., Dave, K., Zhong, F., et al. (2017). Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors. Science 356 (高被引用论文). https://www.science.org/doi/10.1126/science.aaj2239

该研究中，基于Illumina测序技术，我们开发了一种鉴定表观修饰对转录因子识别DNA序列影响的methyl-sensitive SELEX方法，发现参与胚胎早期发育的转录因子更倾向于结合甲基化的DNA，颠覆了以往认为DNA甲基化抑制基因表达的传统观点。

5. Jolma, A., Yin, Y., Nitta, K.R., Dave, K., Popov, A., Taipale, M., Enge, M., Kivioja, T., Morgunova, E., and Taipale, J. (2015). DNA-dependent formation of transcription factor pairs alters their binding specificity. Nature 527，384-388. https://www.nature.com/articles/nature15518

该研究中，我们开发了鉴定转录因子间协同作用的CAP-SELEX技术，发现转录因子间的协同作用主要是由DNA，而非蛋白-蛋白相互作用介导的。

6. Morgunova, E., Yin, Y., Jolma, A., Dave, K., Schmierer, B., Popov, A., Eremina, N., Nilsson, L., and Taipale, J. (2015). Structural insights into the DNA-binding specificity of E2F family transcription factors. Nature communications 6, 10050

7. Morgunova, E., Yin, Y., Das, P.K., Jolma, A., Zhu, F., Popov, A., Xu, Y., Nilsson, L., and Taipale, J. (2018). Two distinct DNA sequences recognized by transcription factors represent enthalpy and entropy optima. eLife

8. Lambert, S.A., Jolma, A., Campitelli, L.F., Das, P.K., Yin, Y., Albu, M., Chen, X., Taipale, J., Hughes, T.R., and Weirauch, M.T. (2018). The Human Transcription Factors. Cell 172, 650-665 (高被引论文). https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(18)30106-5

关于转录因子的综述，自2018年发表以来，被引3400余次。

9. Zhu, F., Farnung, L., Kaasinen, E., Sahu, B., Yin, Y., Wei, B., Dodonova, S.O., Nitta, K.R., Morgunova, E., Taipale, M., et al. (2018). The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome. Nature 562, 76-81. https://www.nature.com/articles/s41586-018-0549-5

该研究利用NCAP-SELEX技术，系统性鉴定了具有结合核小体能力的先驱转录因子。