1907年德国医生埃里希·宝隆在上海创办了“德文医学堂”至今已逾百年历史，曾经培养出裘法祖院士、吴孟超院士等一代著名医学家，并被誉为“医生的摇篮”。

1908年，“德文医学堂”改名为“同济德文医学堂”。

1912年，医正科三级学生张近枢、何理中、江逢治３人，按照德国大学医科考试规则参加学堂的第一次毕业考试，均顺利通过，如期毕业。他们是同济历史上的第一届毕业生。

1924年5月20日北洋政府教育部下达第120号训令，批准同济医科为大学。从此以后，5月20日定为校庆日。

1927年8月，由南京国民政府教育部正式接管，命名为国立同济大学，原医、工两科分别更名为医学院、工学院。

20世纪50年代，在全国高等学校院系布局调整中，同济大学医学院整体迁往武汉，使得同济大学在较长时间没有医学专业。1955年8月，中南同济医学院更名为武汉医学院。1985年7月，武汉医学院又改名同济医科大学。现为华中科技大学同济医学院。但同济人的医学情结至深，一直为再开医学专业作不懈的努力。

2000年4月，与原上海铁道大学合并，在原上海铁道大学医学院的基础上成立了“同济大学医学院”，成为同济大学重点建设的学科。短短十余载，临床医学作为同济大学的重点建设和发展学科，取得了令人瞩目的成就。

2001年，医学院设立临床医学七年制专业。

2002年，同济大学列入"985工程"重点建设高校。

2003年，为提高医学教育质量，学校投入大量资金用于专业建设，投资亿元的医学大楼在校本部建成，积极改善办学条件。

2005年，医学院开始在长学制学生中实施本科阶段导师制。

2006年，医学院启动医学生创新能力培养计划。

2007年，迎接教育部本科教学水平评估，评价优秀。

2009年，医学与生命科学实验教学楼投入使用。并相继建立医学模拟教学中心和临床技能考试中心，组建标准化病人队伍用于学生技能训练。学院全面推进教学改革，提高教学质量。

2010年，获得临床医学博士专业学位授予权。医学院着手设计临床医学专业“5+3”人才培养模式；在卓越工程师教育计划的带动下，在校内通过“试点班”的形式启动“卓越医师培养计划”，探索拔尖创新人才培养模式。同年，医学院在各个附属医院建设“转化医学研究中心”，为创新人才培养搭建平台。2010年起，医学院充分利用同济大学国际合作平台，与欧美多所大学的医学院建立稳定的合作关系拓展了国际合作培养医学生的资源。每年20-30%的医学生有海外临床实习和科研实习的机会；与美国联合培养MD/PhD,与英国联合培养MD/Msc，联合培养PhD。

2011年，获得临床医学一级学科博士授予权，及生物医学工程一级学科博士授予权。

2012年，医学院全面启动临床医学五年制、七年制专业课程改革举措。国家级临床综合实训中心建设项目教育部立项。获得进行“拔尖创新医学人才培养模式改革试点”，“五年制临床医学人才培养模式改革试点”。